Maltya, 2000’lerin başında büyük bir futbol heyecanı yaşadı. Fakat sonrasında işler beklendiği gibi gitmedi.
2000-01: Malatyaspor, klasman gruplu son 1. Lig sezonunda play-off oynadı. Konya’daki maçlarda sırasıyla Sebatspor, Kayserispor ve Sakaryaspor’u eleyerek 11 yıl aradan sonra Süper Lig’e adımını attı.
2001-02: Süper Lig’deki ilk sezonuna kötü başladı. 6 maçta 6 yenilgi… Ardından Ziya Doğan göreve geldi ve takım 40 puanla ligde tutunmayı başardı.
2002-03: Malatyaspor tarihinin en iyi sezonlarından birini yaşadı. Ligi 52 puanla Fenerbahçe’nin önünde 5 sırada tamamladı. UEFA Kupası’nda oynamaya hak kazandı.
2003-04: Malatya şehri Avrupa Kupası heyecanı yaşadı. Basel’i İsviçre’de 2-0 mağlup etti ama karşılaşma uzatmalara kaldı. Marco Streller’in golüyle elendi. Ligi de orta sıralarda bitirdi.
2004-05: Malatyaspor sezonu yine orta sıralarda bitirdi. Korkulan bir deplasman kimliği kazandı. Süper Lig’de kalıcı olacağı tahmin ediliyordu.
2005-06: Beklenenin tersi oldu. Sezonun son maçında Gaziantepspor’a 1-0 yenilerek küme düştü. Sezona Ziya Doğan ile başlamışlardır, Ümit Kayıhan ile bitirdiler.
2006-07: 1.Lig’deki ilk sezonunda play-off’a kaldı, Altay’a yarı finalde 1-0 yenildi. Şehrin diğer takımı Malatya Belediyespor ise 3.Lig’e yükselerek profesyonel oldu.
2007-08: Malatyaspor ne düşme korkusu yaşadı, ne play-off’u zorladı. Malatya Belediyespor ise 3.Lig’de 2. sırayı alarak bir üst lige, 2.Lig’e yükseldi.
2008-09: Malatya’nın kara yılı… Malatyaspor’u maddi kriz derinden sarstı. Oynatacak futbolcu dahi bulunamadı. Ligi 18. sırada bitirerek küme düştü. Malatya Belediyespor ise 3.Lig’e geri döndü.
2009-10: Malatyaspor transfer dahi yapamayacak duruma geldi. Sezon boyunca oynadığı 36 maçta sadece 3 galibiyet alabildi. Bir kez daha küme düştü. Malatya Belediyespor bir kez daha 3.Lig’den 2.Lig’e yükseldi. Bu sefer play-off oynayarak… Hem ilk tur maçını (Menemen Belediyespor) hem de finali (Keçiörengücü) penaltılarla kazandı.
2010-11: Malatyaspor, 3.Lig’de 34 maça çıktı. Sezon boyunca sadece 1 galibiyet aldı. 89 gol yedi. Amatör lige düştü. Malatya Belediyespor ise adını değiştirdi, Yeni Malatyaspor oldu. Turuncu-yeşil olan renklerini sarı-siyaha çevirdi, kırmızıyı da üçüncü renk olarak belirledi. Kupada Fenerbahçe’yi yenerek gündem yarattı. 2.Lig’de ise sezon sonuna doğru üst üste 8 maç kazanarak play-off’a kaldı. Bu sefer penaltılarla Adana Demirspor’a elendi.
2011-12: Malatyaspor, Bölgesel Amatör Lig’de sezona -9 puanla başladı, sezon sonunda ise bir kez daha puan durumunun son sırasında yer aldı. Takım, süper amatöre düştü. Yeni Malatyaspor ise ligi alt sıralarda geçirdi ama küme düşmekten kurtuldu. Sezon sonunda adını Malatyaspor olarak değiştirmek istedi, TFF izin vermedi.
2012-13: Malatya şehrinin tek gözdesi olarak profesyonel liglerde Yeni Malatyaspor kaldı. 2.Lig’de bir kez daha play-off oynadı. Tepecikspor’u eledi ama yarı finalde Fethiyespor’a uzatmalar sonunda elendi. İki sezon önceki Adana Demirspor gibi, Fethiyespor da play-off sonunda 1.Lig’e yükseldi.
2013-14: Bir kez daha play-off… İlk maçı kazanmalarına rağmen Hatayspor’a elendiler.
2014-15: Feyyaz Uçar’ın göreve gelmesiyle çıkışa geçtiler. 2015 yılında sadece iki kez yenilerek zirveye çıktılar. Bu sefer işi play-off’a bırkmadan doğrudan 1.Lig’e yükseldiler.
